SMK Negeri 2 Wera memiliki Program Keahlian Agribisnis Perikanan Air Payau dan Laut, yang berfokus pada pembelajaran dan pengembangan keterampilan di bidang perikanan air payau dan laut. Program ini bertujuan untuk membekali siswa dengan pengetahuan dan keterampilan yang relevan dalam pengelolaan sumber daya perikanan, budidaya ikan, dan pengelolaan hasil laut, guna mendukung perekonomian lokal dan keberlanjutan lingkungan.